TCGA突变数据使用记录(一)

发布于 2022-09-04  75 次阅读


数据下载,从cBioPortal

  • cBioPortal找到相应的数据,并从github下载
  • ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &
  • wget -e "https_proxy=http://127.0.0.1:20809" https://github.com/cBioPortal/datahub/raw/master/public/prad_tcga/data_mutations.txt
  • tmp <- read.table('data_mutations.txt', header = T, sep = '\t', allowEscapes = T, quote = '')

数据下载,从TCGA

  • 访问TCGA,在文件类型中过滤maf,访问权限中过滤open,case中过滤感兴趣的组织
  • 加入到cart,然后可以直接下载tar.gz,也可以下载manifest,然后使用官方工具下载
  • 后续可以使用Maftools进行分析

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