Rstudio-server:安装seurat

发布于 2022-08-12  145 次阅读


Jupyter相比,使用Rstudio可以更方便进行交互式绘图,比如ggThemeAssist,以及某些3D绘图需要旋转视角进行观察。因此这里记录一下在Rstudio里安装seurat的过程

  • 更改R版本
  • 进入terminal,以下操作均在terminal中进行
  • export R_LIBS_SITE=""
  • 在terminal中进入R
  • .libPaths('/home/rstudio/miniconda3/envs/r_4_1_3/lib/R/library')
  • .libPaths() 确保没有其他路径
  • remove.packages("vctrs")
  • install.packages("vctrs")
  • install.packages('Seurat')
  • remove.packages("cli")
  • install.packages("cli")
  • install.packages("tidyverse")
  • 重启R session
  • library(tidyverse)
  • library(Seurat)
  • 如果conda有这个包,且环境不冲突,则简单一些。但这个Rstudio-server不支持conda虚拟环境。
  • 进入terminal
  • conda install -c conda-forge r-seurat -y

医学生