通过conda安装纯净环境的Seurat

发布于 2022-02-13  1549 次阅读


  • conda create -n seurat -c conda-forge r-base=4.1.2
  • conda activate seurat
  • conda install -c conda-forge r-seurat=4.1.0
  • conda install -c conda-forge r-irkernel
  • R
  • IRkernel::installspec(name='seurat', displayname='r-seurat')
  • q()

经过长期实践,用好conda真能省心高效方便!建议不要在base环境中安装除conda之外的任何包(有些包会和conda的依赖冲突,此时用conda创建的新环境就可以避免这个问题),然后每一个独立的功能都单独建一个新环境。

注:如果出现失败,一般是默认安装的版本太低,此时应使用r-base=4.1.2来指定最新版本。可以在搜索最新的版本:https://anaconda.org/search?q=r-seurat

重要的事情说三遍:不要自行尝试编译安装,维护起来很难!不要自行尝试编译安装,维护起来很难!不要自行尝试编译安装,维护起来很难!


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